Digamos que tenemos estas imagenes:
A esta le vamos a decir a.png
Y a esta b.png

Usando composite que es parte del imagemagick podemos poner una imagen sobre otra con un % de 'transparencia'.
Por ejemplo si yo dijera:
composite -dissolve 50 a.png b.png c.png
Eso me daria:
Ahora solo nos falta las otras imagenes y el video por supuesto, las imagenes se pueden hacer con un script de shell como este:
i=0;
while [ $i -lt 100 ];
do
i=`echo $i + 1 | bc`
composite -dissolve $i a.png b.png c$i.png
done
Al final tenemos 100 imágenes, pero aun nos falta el video.
Ese es facil solo decimos:
ffmpeg -i c%d.png final.flv
Nada mas le dijimos al ffmpeg que agarre de parámetro de entrada c%d.png eso es cY eso queda asi:


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